http://codeigniter-kr.org/user_guide_2.1.0/general/urls.html

CI의 URL 규칙을 확인 하십시오.

크루즈님이 어떤 작업을 하시려는지 잘 모르겠지만...
굳이 blog 폴더 아래에 있는 index.php를 실행 시키지 않아도 CI로 원하시는것은 다 하실수 있을것 같습니다.

route 로 되실듯합니다.

localhost/blog 로 접속하면 CI 의 URI 규칙에 의해 자동으로 blog 컨트롤러가 로드 되고 기본값으로 index 메서드를 호출하게 되지요.
위에 쓰신 index.php 가 컨트롤러인가요?
그렇다면 application/controllers 디렉토리에 blog 라는 디렉토리를 생성하시고 그곳에 Index 라는 이름의 컨트롤러를 생성하시면 될듯 합니다.

매뉴얼 읽어보시면 답이 있습니다. 

컨트롤러들을 하위폴더로 구성하기

http://cikorea.net/user_guide_2.1.0/general/controllers.html 

 거의 모든 질문의 답이 될수 있겠네요.

"메뉴얼 보시면 답이 있습니다."

질문이 두가지 경우 같네요.

1. 코드이그나이트 컨트롤러의 구현과 접근방법을 모르는경우.
2. 코드이그나이트 프레임소스 폴더 내에 코드이그나이트 URI규칙을 적용받지 않는 '특정폴더'를 원할경우.

1은 벌써 아셨을것이고,
2는

RewriteCond $1 !^(/index\.php|특정폴더)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

같습니다.